工具百宝箱

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ModelAngelo

高精度单颗粒三维冷冻电镜密度图建模工具

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GRASP

融合实验约束的蛋白质复合物结构预测工具

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RosettaFold3结构预测

预测生物大分子三维结构的工具

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Boltz-2

Boltz-2 是一个新的生物分子基础模型，通过联合建模复杂结构和结合亲和力，这是准确分子设计的关键组成部分

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ViennaRNA RNA二级结构预测

基于 ViennaRNA 2.7.2 的 RNAfold 预测单条或批量 RNA 序列的最小自由能二级结构，可选计算分区函数、系综自由能、MFE 系综频率和系综多样性，并输出 CSV 汇总、原始结果、SVG 结构图和中文分析报告。

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ToxinPred

基于 ToxinPred3 模型对输入的肽/蛋白氨基酸序列进行毒性预测

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OmegaFold 蛋白质结构预测

输入蛋白序列，预测蛋白质结构

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ESMFold2 结构预测

基于 ESMC 6B 语言模型和扩散架构的蛋白质全原子结构预测工具，性能匹配或超越 AlphaFold3，支持快速单序列和 MSA 增强两种模式。

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MM/GBSA

MM/GBSA 计算蛋白-小分子的相对结合自由能

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ByteFF-Pol 极化力场参数生成与 MD 模拟

基于 ByteDance-Seed/byteff2 官方开源项目的 ByteFF-Pol kit，支持小分子/锂电有机电解液组分的极化力场参数生成，以及官方 Density/Transport/HVap/Dielectric/Compressibility MD 协议运行。运行前会检查输入 SMILES 元素范围，含不支持元素时直接报错。

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SPONGE自由能微扰计算

从蛋白 PDB 和多配体 SDF 出发，用户指定模拟时长后，使用 SPONGE/XPONGE 自动完成配体准备、OpenFF NAGL 电荷/GAFF、MCS/edge 构建、并行 MD、MBAR 和 RBFE 网络分析，输出工作区 ZIP、edge 汇总表、配体 RBFE 表、edge residual 表、ddG 表、运行日志和状态文件。

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有机溶剂下电解液分子动力学模拟

用于电解液体系的 GROMACS 自适应建模、EM 能量最小化、可选 NVT 预热、NPT 平衡、正式 NVT 采样和 RDF/CN 分析。使用 SIF gromacs_wang:1.0.1，默认申请 8 CPU 和 1 GPU。

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GROMACS 2023.2 _蛋白体系

上传蛋白质 PDB/CIF 结构，指定模拟条件和 NaCl 浓度（M）后，自动完成 GROMACS 2023.2 体系构建、溶剂化、加盐/电中和、能量最小化、NPT 模拟与后处理，并输出轨迹、RMSD/RMSF/SASA/Rg 等曲线、自由能图和中文报告。

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GenMol 分子生成

基于离散扩散模型的药物发现通用工具 (已验证: De Novo 99.6%, Fragment 100%, Lead 85%)

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ML Conformer Generator

使用等变扩散模型（EDM）和图卷积网络（GCN）进行形状约束的分子构象生成，支持形状引导、参考构象相似性和片段修复。

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PocketFlow

PocketFlow 是一个基于深度学习的蛋白质口袋条件分子生成工具，结合蛋白质口袋几何与化学特征，在三维空间中生成满足化学规则的候选配体分子。

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PocketXMol 口袋小分子生成与对接

基于 PocketXMol 预训练模型，按蛋白质结合口袋执行小分子从头设计或三维对接采样，并返回结构与置信度结果。

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AnewOmni 分子相互作用生成

基于 AnewOmni 的全原子结合体生成工具。

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ProteinMPNN蛋白质序列设计

基于蛋白质骨架结构的逆向序列设计工具，支持序列生成、评分、条件/无条件概率计算等多种模式。

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BoltzGen

BoltzGen是一个用于生物分子结合物设计的通用全原子生成模型。

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Diterminate-evolution 定向进化推荐

上传 WT FASTA、PDB 和可选历史实验 CSV，执行冷启动 ProSST 零样本推荐或热启动 ESM2-15B + XGBRanker 主动学习推荐，输出下一轮突变候选、填写模板、完整 history 模板和中文报告。

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Chai-1

Chai-1复合物结构预测

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RFdiffusion2 蛋白质设计

基于扩散模型的蛋白质设计工具，支持从头设计、配体结合蛋白设计、酶设计等多种任务

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BindCraft 蛋白质结合物设计

基于 ProteinMPNN + AlphaFold2 (ColabFold) 的 GPU 结合物设计工具，支持抗体、纳米抗体与肽类结合分子的端到端生成与评估。完整实现 Neurosnap BindCraft 核心功能。v1.7.1 移除补丁逻辑，基于Docker构建时修复方案，保持完整参数处理和配置格式。

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RFdiffusion 蛋白结构设计(mokda)

使用 RFdiffusion 进行无条件蛋白设计、支架功能位点设计、蛋白结合物设计，并支持检查 PDB 链和连续残基编号范围。

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LigandMPNN 配体感知蛋白质序列设计

上传 PDB 结构，调用镜像内 LigandMPNN/ProteinMPNN 系列模型生成蛋白质设计序列、骨架 PDB 和统计结果。

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RFdiffusion3 蛋白质设计

基于全原子扩散模型的复杂蛋白质设计工具，支持酶设计、结合剂设计、对称设计等多种任务

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RFantibody 抗体设计

基于 RFantibody 的抗体和纳米抗体三阶段设计工具，依次执行 RFdiffusion、ProteinMPNN 和 RF2，支持结构文件与 Quiver 输入、Chothia 框架转换、批量组合运行、最终结构提取和评分报告。

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ClusterProt 蛋白质结构聚类

基于结构相似性聚类相同长度的蛋白质，识别替代构象和突变体结构影响

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ANARCII 抗原受体分类和注释

基于语言模型的抗原受体分类和注释工具，支持抗体和T细胞受体的高吞吐量分析

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temstapro

基于 ProtTrans 蛋白质语言模型的蛋白质热稳定性预测工具，支持 40-65°C 多温度阈值分类

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酶催化常数预测工具 CatPred

预测酶催化反应的 kcat, Km, Ki

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Pythia-PPI 亲和力预测

基于 AMPNN 图神经网络与多任务学习，预测蛋白质单点突变对蛋白质-蛋白质相互作用结合亲和力变化和蛋白质稳定性的影响。支持全蛋白扫描和指定单点突变。

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ImmuScope 免疫预测

基于 ImmuScope 的 MHC-II 表位与免疫原性评估工具。

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DeepImmuno 免疫原性预测

基于深度学习的肽段-MHC复合物免疫原性预测工具，用于疫苗和免疫治疗开发

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EvoEF2

EvoEF2是一个蛋白质结构评估与设计工具，可根据给定蛋白质结构计算能量评分。 物理能量函数驱动的蛋白质序列设计。 集成 稳定性评估，突变体构建，结合能评估，序列设计，结构修复，加氢优化等功能

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In-Silico Protein Directed Evolution

机器学习辅助的蛋白质定向进化

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DR-BERT 蛋白质无序区域预测

基于BERT的蛋白质内在无序区域(IDR)预测工具，用于蛋白质结构和功能分析

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DeepAccNet 结构质量评估

上传单体 PDB 或蛋白质-多肽复合物 PDB，使用免 PyRosetta 版 DeepAccNet 预测逐残基 lDDT；可选择单体模式或复合物界面分析模式。镜像仍使用 deepaccnet:1.0.0；kit 配置版本为 0.0.2。

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Rosetta Interface Analyzer

用 Rosetta 分析蛋白-蛋白的结合界面

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DeepGlycanSite

DeepGlycanSite 是一种开源的碳水化合物结合位点检测方法，无论是否已知糖链。它可以执行一系列碳水化合物结合位点预测任务：根据蛋白质结构发现常见的糖链结合位点，根据蛋白质结构发现特定糖链的结合位点，已知糖链靶点的导引突变设计。

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pepADMET肽描述符计算

上传包含SMILES与SEQUENCE列的CSV文件，基于PyBioMed、modlamp与RDKit计算2,133维肽/小分子描述符，输出结果CSV与运行报告，用于下游ADMET建模与分析。

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ProSST 突变效应预测

基于蛋白质序列和结构信息的突变效应预测工具，用于蛋白质工程和药物设计

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VenusREM 突变效应预测

基于 VenusREM 的检索增强蛋白突变效应评估工具。

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ThermoMPNN 稳定性预测

基于 ThermoMPNN 的蛋白点突变稳定性变化预测工具。

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Cagiada ESM-IF 蛋白绝对稳定性预测

上传单个 PDB 结构并指定目标链，使用 Cagiada 等人论文 notebook 中的 ESM-IF inverse folding 流程预测蛋白绝对折叠稳定性。工具输出逐残基 wild-type likelihood、dG_IF 总分、线性换算后的 dG_kcalmol、中文报告和结果压缩包。适合 AlphaFold2 预测结构或已清理的单链/多链 PDB 中某一目标链分析。

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PatchProt 蛋白疏水斑块预测

基于 PatchProt 多任务深度学习模型，从蛋白 FASTA 序列预测疏水斑块面积、表面可及性、二级结构和逐残基局部 LHP 等结果。Kit 输出中文报告、汇总 CSV、可视化图片、逐残基结果压缩包和运行日志。

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FreeSASA 溶剂可及表面积分析

上传 PDB 蛋白结构，使用 FreeSASA 的 Lee-Richards 或 Shrake-Rupley 算法计算溶剂可及表面积（SASA）。输出总 SASA、链级/残基级/原子级 CSV、残基暴露面积图、中文报告和完整结果压缩包，适用于结构暴露性、界面和突变影响分析。

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PROPKA 蛋白 pKa 预测

PROPKA 3 pKa 预测 Kit。上传 PDB 蛋白或蛋白-配体复合物结构后，计算可电离残基的 pKa，并生成 .pka 结果文件、中文报告、运行日志和结构预览，适合质子化状态评估、突变位点分析和后续分子模拟前处理。

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蛋白质溶解度预测netsolp

基于蛋白质语言模型预测蛋白质在大肠杆菌中的溶解度和可纯化性

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MACE Flow Surface+Interface

面向 Galileo Flow 的 MACE 表面与界面子 Kit，支持表面能、吸附构型生成和异质结界面搜索。

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Training-Set-Parser

读入数据集进行分析和清洗

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deepmd Reaction

deepmd reaction workflows for NEB, Sella, CCQN, IRC, frequency analysis, and dimer scans through deepmd.calculator.DP.

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MACE Reaction

NEB/Sella/IRC/CCQN 反应路径与过渡态搜索工具集（基于 mace_asekit）

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deepmd Flow Phonon+Thermal

面向 Galileo Flow 的 deepmd 子 Kit，基于 deepmd-kit 后端，覆盖 phonon、phono3py、phono3py_postprocess、callaway_fit 与 qha，并返回可供下游节点消费的声子、热导与 QHA 结构化产物。

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deepmd Flow Surface+Interface

面向 Galileo Flow 的 deepmd 表面与界面子 Kit，基于 deepmd-kit 后端，支持表面能、HKL 扫描、吸附构型生成和异质结界面搜索。

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deepmd Flow Scan+Elastic

面向 Galileo Flow 的 deepmd 势函数体检与材料性质子 Kit，基于 deepmd-kit 后端，支持 dimer scan、EOS 和弹性常数。

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deepmd Flow Relax+MD

面向 Galileo Flow 的 deepmd 子 Kit，基于 deepmd-kit 后端，支持 relax、cell-relax 和 md；不暴露 MACE batch fastpath。

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MACE-Train-Kit

A Kit for MACE Train and utils

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MACE Simulation

使用MACE势函数对分子/晶体结构进行结构弛豫和分子动力学模拟

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MUSCLE v5 多序列比对生成

基于扰动隐马尔可夫模型的多序列比对算法，生成高精度多序列比对结果

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FastTree 系统发育树构建

使用 FastTree 从大规模序列比对快速推断近似最大似然系统发育树，支持蛋白质和核苷酸序列

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AbNumber 抗体可变区编号与 CDR 提取

输入单条抗体可变区氨基酸序列或多条 FASTA 序列，使用 AbNumber/ANARCII 自动识别重链、Kappa 轻链或 Lambda 轻链，按 IMGT、Kabat 或 Chothia 体系进行逐残基编号，并输出 FR1–FR4、CDR1–CDR3、链型摘要、CSV、JSON 和完整结果压缩包。

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MAFFT MSA Generation

使用 MAFFT 与 phmmer 的完整多序列比对流程，自动筛选参考序列并生成高质量的 MSA 结果

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Foldtree

基于蛋白质三维结构生成系统发育树

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ANARCI抗体编号与受体链识别

上传抗体或TCR氨基酸FASTA序列，使用ANARCI进行IMGT、Kabat、Chothia、Martin、AHo或Wolfguy编号，输出编号文本、链类型/物种/HMM命中摘要、hit table和可选CSV结果。

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BioPhi 抗体人源化与人性评估

基于 BioPhi 命令行工具，对抗体可变区 FASTA 执行 Sapiens 序列人源化、位点概率评分、序列平均评分，以及基于外部 OASis 9-mer 数据库的人性评估。结果统一打包为 ZIP，并生成中文摘要报告和完整运行日志。

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CUT&RUN reads 比对、质控与标准化

从 CUT&RUN/CUT&Tag FASTQ 和样本表出发，完成 reads trimming、target genome 比对、可选 spike-in 评估、CUT&RUN-aware 去重策略、normalization scale factor、coverage track 和核心 QC 汇总，生成后续 peak calling 可直接使用的 workflow BAM manifest。

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AbNatiV 抗体天然性评估与人源化

基于 AbNatiV/AbNatiV2 的抗体和纳米抗体序列分析 Kit，支持单链天然性打分、VH/VL 配对打分，以及 VHH 或 VH/VL 人源化设计。用户可上传 FASTA/CSV 文件或直接填写序列，结果包含 CSV 表格、profile 图片、日志和中文报告。

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单细胞细胞类型注释

将已聚类的 h5ad 单细胞对象按 cluster 与细胞类型对应关系写入细胞类型注释，并输出注释后的 h5ad、注释表、UMAP 图和下游摘要。

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ChIP-seq 峰识别与 consensus peaks

上传 ChIP-seq 过滤后 BAM/BAI 和样本表，使用 MACS3 完成样本级峰识别、FRiP 质控和可重复峰集合生成，输出下游差异结合分析与注释可直接使用的 peak manifest。

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ATAC-seq 比对与质控

上传 ATAC-seq FASTQ 数据包和参考基因组 FASTA，完成 Bowtie2 比对、BAM 过滤去重、线粒体 reads 处理、片段长度统计和样本级质控，并生成可用于后续 peak calling 的 BAM 清单与中文报告。

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单细胞差异表达分析

比较已注释 h5ad 中两个分组、两类细胞或分层细胞群的基因表达差异，输出完整差异基因表、显著差异基因表、比较摘要、可视化图形、结构化摘要和分析报告。

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ATAC-seq 差异开放区域分析

从 ATAC-seq 比对后的 BAM 与 peak 集合出发，构建统一 peak 集合，完成 peak 计数、样本设计检查和差异开放区域分析，输出显著 DAR、可视化图形和下游证据摘要。

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单细胞基因与基因集投影

在已完成降维或注释的单细胞 h5ad 中展示目标基因表达分布，或计算自定义/内置基因集评分，并输出细胞级结果表、分组汇总表、UMAP 投影图、结构化摘要和报告。

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ATAC-seq 峰识别与 FRiP 质控

从 ATAC-seq 比对后的 filtered BAM 中识别开放染色质峰（peak），计算 peak 数量、FRiP 和 blacklist 过滤结果，生成可用于 peak 注释、motif 富集和差异开放区域分析的标准 peak set manifest。

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单细胞转录组高级质控与清洗

从包含 filtered raw counts 的 QC 后 h5ad 出发，按样本完成 ambient RNA 校正、doublet 检测和高级清洗，生成可直接用于下游聚类与注释的 cleaned.h5ad。

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单细胞转录组导入与质控

上传 h5ad、10x 矩阵或多样本压缩包，计算细胞和基因质控指标，完成基础过滤，并输出可用于后续单细胞分析的标准 h5ad 对象。

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DNA Chisel DNA 序列约束优化

将 DNA Chisel 封装为可离线运行的 DNA 序列设计 Kit。支持编码序列密码子优化、翻译保持、滑动窗口 GC 控制和限制性位点/自定义模式移除，也支持直接执行带 @ 硬约束和 ~ 优化目标注释的 GenBank。输出优化 FASTA/GenBank、逐位点编辑 CSV、GC 比较图、DNA Chisel 原生报告、中文报告和完整结果包。

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单细胞预处理与聚类分析

上传质量控制后的 h5ad 单细胞对象，完成标准化、高变基因筛选、PCA、UMAP 和 Leiden 聚类，并输出可继续用于细胞注释、marker 分析和下游 Workflow 的结果对象、图形和报告。

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单细胞 Marker 基因识别

接收已完成预处理与聚类的 h5ad 单细胞对象，按 Leiden 或用户指定分组识别各细胞群的标记基因（marker gene），输出 marker 表、显著 marker、可视化图形、报告和下游 evidence 摘要。

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CUT&RUN peak 注释、motif 与功能解释

从 CUT&RUN/CUT&Tag peak BED 或 differential binding peaks 出发，结合 GTF/GFF 注释完成 peak-to-gene、TSS 距离、区域类别、motif enrichment、pathway enrichment 和 evidence 输出，生成可接入多组学靶点证据整合的 evidence_summary 与 feature_matrix。

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公共 FASTQ 数据下载与整理

从公共数据库编号、公共编号表格或 FASTQ 下载链接表获取 FASTQ/FASTQ.GZ 文件，并生成可用于后续分析的标准化 fastq_manifest.csv。

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CUT&RUN 差异结合分析

从 CUT&RUN/CUT&Tag consensus peaks、BAM manifest 或预计算 peak count matrix 出发，构建 peak count matrix，执行 DESeq2、edgeR 或描述性差异结合比较，输出 differential binding peaks、标准化计数矩阵、比较汇总和 QC 报告。

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CUT&RUN peak calling 与 consensus peaks

支持用户上传 BAM/BAM.BAI 压缩包或接收上游 BAM manifest，调用 SEACR 和/或 MACS2 生成样本级 peaks，计算 FRiP 与 peak QC，按 group 或 all-sample 生成 consensus peaks，输出后续差异结合分析和 peak 注释可直接使用的 workflow peak manifest。

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RNA-seq PCA 与热图

上传 RNA-seq 表达矩阵，自动完成矩阵检查、PCA、样本相关性热图、高变基因热图和样本风险提示。单独使用时生成完整可视化报告；在 workflow 中可接收上游基因表达定量矩阵，并输出精简的样本检查表、运行摘要和报告。

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ChIP-seq 比对质控与 BAM 清单生成

上传 ChIP-seq FASTQ 数据包、样本表和参考基因组，完成 reads 预处理、Bowtie2 比对、BAM 过滤去重和质控汇总，生成可用于后续 peak calling 的 BAM 清单。

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RNA-seq 差异表达分析

上传 RNA-seq raw count 矩阵和样本分组表，自动识别或校验对照组与处理组后完成两组差异表达分析，输出显著差异基因表、主要图形和可直接用于富集分析的 workflow 结果。

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ATAC-seq peak 注释与 motif 富集分析

上传 ATAC-seq peak 文件和基因注释文件，完成 peak 基因组区域注释、近邻基因识别和可选 motif 富集分析，输出调控注释表、图形报告和供下游证据整合使用的 regulatory annotation manifest。

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IgCraft 抗体序列设计

使用 IgCraft 预训练生成模型设计 paired VH/VL 人源抗体序列。支持无条件生成、指定 IMGT 区域补全、抗体结构约束逆向折叠以及 CDR 移植/人源化框架生成；输入可为 FASTA、IMGT 区域 CSV、PDB/CIF 或结构 ZIP，输出序列结果压缩包、摘要、报告和完整运行日志。

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FASTQ导入、质控、清洗与前后对比

上传 FASTQ 压缩包或选择已整理好的 FASTQ 目录，自动识别样本、单双端和 R1/R2，完成原始质控、低质量 reads 清洗、清洗后质控和前后对比。结果 FASTQ 可继续用于 RNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq、CUT&RUN/CUT&Tag、宏基因组等任意适用的下游分析流程。

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SiteTACK 翻译后修饰位点预测

SiteTACK 使用序列型深度学习模型预测蛋白质翻译后修饰位点。用户上传 FASTA 文件并选择 PTM 类型、物种范围和模型标签后，工具会输出每个候选位点的预测概率、CSV/JSON 结果文件和中文运行报告。模型权重已固化在镜像内，运行时无需联网。

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ChIP-seq peak 注释与功能解释

上传 ChIP-seq peak BED 或差异 peak 表，结合基因组 GTF/GFF 注释完成 peak-to-gene、TSS 距离、区域类别、motif 富集、功能富集和下游证据矩阵输出。

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ChIP-seq 差异结合分析

上传 ChIP-seq peak count matrix、样本信息表和比较设计，识别不同实验条件之间显著增强或减弱结合的 peaks，并输出差异 peak 表、比较汇总、报告图形和用户可读报告。

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RNA-seq 基因表达定量

上传 RNA-seq 比对得到的 BAM 压缩包，或连接上游 rnaseq-mapping 生成的 BAM manifest，并提供基因注释 GTF，自动完成 gene-level read counting，生成可用于差异表达分析的 raw count matrix 以及 TPM/FPKM/CPM 辅助表达矩阵。

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RNA-seq reads 比对

上传 FASTQ 压缩包或连接上一步 FASTQ 质控清洗结果，并提供参考基因组 FASTA，自动完成 RNA-seq reads 比对，生成 sorted BAM、BAM index、基础比对统计和结果报告，可继续用于基因表达定量。

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RNA-seq 功能富集分析

上传 RNA-seq 差异表达结果表和功能注释表，完成 GO、KEGG、通路或自定义基因集富集分析，输出显著富集结果、主要图形、报告和稳定 workflow 输出。

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单细胞组成比例分析

统计已注释 h5ad 中细胞类型或 cluster 在不同样本、分组或总体中的数量和比例，并输出组成比例表、计数表、组成图、结构化摘要和中文报告。

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单细胞功能富集分析

上传单细胞差异基因或 Marker 基因表，按 cluster、cell type 或 comparison 分组进行 GO、Reactome、WikiPathways 等功能富集分析，输出富集结果表、显著条目表、可视化图形、结构化摘要和报告。

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RDKit 相似分子查找

基于RDKit的分子相似性查找工具，用户提供目标SMILES和分子库，快速找到最相似的分子

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Mordred 分子描述符计算器(new)

计算 1800+ 个高分辨率 2D/3D 分子描述符，用于 QSAR、药物设计和虚拟筛选

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Kluster分子聚类分析工具

对分子数据集进行聚类分析，支持多种聚类算法和分子描述符，发现分子间的相似性模式和结构关系

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Conformer Generator

使用RDKit生成、优化和分析分子构象

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ADCNet ADC 性质预测

基于 ADCNet 的抗体偶联药物性质推理工具。

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PDB 修复工具 PDBFixer

修复 PDB 文件中的常见问题

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APBS 静电势计算

基于 APBS 的分子泊松-玻尔兹曼静电计算工具。

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PDB-mmCIF Converter

PDB与mmCIF格式转换器 - 蛋白质结构文件格式互转工具

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PRODIGY 结合亲和力预测

基于蛋白-蛋白复合物结构预测结合亲和力和解离常数。

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Multiwfn_ESP_Generator_Flow

使用Multiwfn生成静电势所需文件，可以用VMD进一步生成高质量的等值面

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Multiwfn_HOMO_LUMO_Cube_Generator_Flow

使用Multiwfn生成分子HOMO/LUMO的cube文件，同时利用xyzrender自动生成HOMO/LUMO等值面

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DockQ蛋白质对接质量评估工具

评估蛋白质-蛋白质对接模型质量，使用Fnat、LRMS、iRMS等指标进行定量分析（目前仅支持双链比对！！！）

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PDB2PQR

将输入的PDB文件转为PQR文件并输出。

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PDF翻译

上传 PDF 文档，翻译为目标语言并保留原文版面、公式、图表与表格结构，导出单语译文 PDF 与双语对照 PDF

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突变与原始结构一致性评估

上传原始抗体结构和突变结构压缩包，自动识别替换、插入、删除等氨基酸变化，基于匹配Cα原子计算突变结构相对原始结构的RMSD，并按RMSD从小到大生成CSV排名、Top10图和中文report.md。支持PDB、CIF/mmCIF及ZIP/TAR压缩包。

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糖链与糖基化结构建模

基于 Glycosylator/BuildAMol 从 IUPAC-condensed 描述构建糖链全原子三维结构，或识别蛋白 PDB 中的 N/O-连接糖基化位点并连接指定糖链。输出可交互查看的 PDB、JSON 统计摘要、中文报告和运行日志；运行过程无需联网。

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直接结合蛋白发现

输入 UniProt ID，从 IntAct、实验 PDB/PDBe-SIFTS 及可选 BioGRID 证据中识别经实验证实的直接结合蛋白。严格区分直接结合、支持但未确认和排除候选，不进行结构预测或热点分析。

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PEP-Patch 蛋白表面分析

基于 Liedl Lab surface_analyses/PEP-Patch 计算蛋白疏水表面特征或正负静电表面斑块。支持 PDB、Amber 拓扑与常见轨迹输入，可使用镜像内 PDB2PQR/APBS 自动生成静电势，也可读取 OpenDX；输出汇总 CSV、可视化 PNG、带顶点颜色的 PLY 表面、原始结果压缩包与中文报告。

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Spatial Aggregation Propensity

输入蛋白质 PDB/mmCIF 结构，按 Chennamsetty/Roberts 组 SAP 思路计算局部暴露疏水斑块。输出逐原子与逐残基 SAP、连续热点区域、结构 B-factor 映射、曲线图、JSON 摘要和完整压缩包。支持多链筛选及多模型结构平均，CPU 即可运行。

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邻域热点残基分析

输入蛋白复合物或蛋白-配体结构，自定义 0–50 Å 的浮点距离截断，筛选并排序目标链界面邻域残基。输出复合物与单独目标蛋白两张 PyMOL 着色图以及可继续编辑的 PSE 会话，并保留原始 PDB 残基编号。

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双蛋白复合物结构推荐

输入两个已知可直接结合的UniProt ID，按目标蛋白与伙伴蛋白分别设置拷贝数，推荐PDB biological assembly并按缺失程度补全；报告逐位点列出修复的残基、序列和新增原子；内置经审查的E1、E2、E3、E4 Demo。

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ORCA过渡态计算

量子化学计算软件包

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ORCA显式溶剂添加器

量子化学计算软件包

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ORCATDDFT优化器

量子化学计算软件包

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ORCA激发态光谱计算

量子化学计算软件包

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ORCABSSE结合能计算器

量子化学计算软件包

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ORCA Fukui函数计算器

量子化学计算软件包

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ORCA单点能计算器

量子化学计算软件包

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MultiwfnESPGenerator

使用Multiwfn生成静电势所需文件，可以用VMD进一步生成高质量的等值面

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gxtb几何优化

使用半经验方法gxtb进行几何优化

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ORCA_IRC

量子化学计算软件包

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ORCA变量扫描

量子化学计算软件包

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ORCA振动光谱计算器

量子化学计算软件包

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rest单点能计算器flow

rest单点能计算器flow

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ORCA_Optimizer

量子化学计算软件包

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HDOCKlite

基于 HDOCKlite 的蛋白-蛋白、蛋白-RNA/DNA 从头算分子对接 Kit，输入受体和配体 PDB 文件，输出 HDOCK 打分结果、复合物模型和运行报告。

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RAPiDock

RAPiDock 是一个全原子蛋白-肽对接扩散生成模型，支持 pocket/PDB/序列输入，输出候选肽构象、评分表和结果报告。

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GNINA 分子对接

基于 GNINA 的 GPU 加速蛋白–小分子对接工具。上传受体、待对接配体和参考配体后，工具会自动定义结合口袋，生成候选结合构象，并报告经验能量评分、深度学习模型预测的构象质量和结合亲和力。

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AutoDock Vina 重对接(redocking)

需输入蛋白和配体pdb文件，对接口袋大小和位置 使用可参考 https://forum.sidereus-ai.com/topics/35

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AutoDock Vina 多配体对接(Multi-ligand docking)

多个配体同时对接，输入蛋白pdb文件,配体pdb/mol2文件的压缩包(zip)，多配体分子对接

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AutoDock Vina 盲对接(blind-docking)

输入蛋白和配体pdb文件，对整个蛋白进行探测，自动进行分子对接 使用可参考 https://forum.sidereus-ai.com/topics/35

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AutoDock Vina 批量配体分子对接(Batch ligand docking)

输入蛋白pdb文件的压缩包(zip),配体pdb/mol2文件的压缩包(zip)，批量分子对接(两两对接) 使用可参考 https://forum.sidereus-ai.com/topics/35

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RMSD Calculator

使用 Kabsch 算法计算两个分子结构之间的 RMSD 值

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PySCF TDDFT-ris 计算器

基于 molden 文件的 PySCF TDDFT-ris 激发能计算工具。

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MACE Flow Phonon+Thermal

面向 Galileo Flow 的 MACE 子 Kit，覆盖 phonon、phono3py、phono3py_postprocess 与 callaway_fit，并返回可供下游节点消费的声子与热导结构化产物。

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sobtop2gromacs

通过sobtop得到用于gromacs模拟的力场参数文件。

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MACE Flow Relax+MD

面向 Galileo Flow 的 MACE 子 Kit，只支持 relax、cell-relax 和 md，并返回可供下游节点消费的结构与轨迹输出。

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MultiwfnCubeGenerator

使用Multiwfn生成分子HOMO/LUMO的cube文件

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ORCA_Optimizer_flow

量子化学计算软件包

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GROMACS 2023.2 分子动力学模拟_蛋白和小分子复合物体系

蛋白-小分子复合物 GROMACS 分子动力学模拟工具，默认amber14SB_ROC_lipid17力场，支持 Autodock Vina 对接结果配体键级修复，输出可视化轨迹、九宫格分析曲线、2D/3D Gibbs 自由能图和结构量化统计。适用于单蛋白-单一小分子配体体系,蛋白需为由标准氨基酸组成。

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pes_analyzer

pes_analyzer

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GROMACS 2023.2 分子动力学模拟_蛋白和外部参数化小分子复合物体系

接收由 ORCA、Multiwfn 和 Sobtop 等流程生成的配体 .itp 拓扑文件及 .gro 坐标文件，同时输入蛋白-配体复合物结构文件，开展 GROMACS 分子动力学模拟与后处理分析。其中，蛋白质部分采用 amber14SB_ROC_lipid17 力场，配体参数完全以用户上传的 .itp/.gro 文件为准,采用 TIP3P 水模型进行溶剂化。

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gromacs分子动力学模拟蛋白和小分子复合物beta版-多配体

本工具支持基于蛋白-配体复合物 PDB 文件开展分子动力学模拟。针对 AutoDock Vina 对接结果常缺失配体键级信息的问题，新版本内置了键级智能修复功能，支持 Vina 输出文件的直接导入与无缝衔接。当前版本专为‘单蛋白-单一（或者多个相同的）配体’体系优化。

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NEB方法猜过渡态

量子化学计算软件包

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ProLIF

用于分析分子对接结果中的蛋白-配体相互作用，仅支持由标准残基组成的蛋白和配体的复合物。